Ἡ ἐξόντωσις τοῦ Θ. Καΐρη «Ἐπιτρέπεται ἐν εὐνομουμένῳ κράτει, καυχωμένῳ μάλιστα ἐπὶ ἀνεξιθρησκείᾳ, νὰ ἐρευνᾷ τις τὴν συνείδησιν τοῦ ἄλλου καὶ νὰ ζητῇ ἔγγραφον ὁμολογίαν τῆς πίστεώς του; Ἂν τοῦτο ἐπιτρέπεται, τότε ἂς ὁμολογήσωμεν, ὅτι δὲν ἀφιστάμεθα πολὺ τῆς ἐποχῆς τῶν δικαστηρίων τῆς ἱερᾶς ἐξετάσεως». Τὴν ἀπάντησιν αὐτὴν ἔδωσεν ὁ Θεόφιλος Καΐρης, ὅταν ἡ ἱεραρχία τῆς Ἐκκλησίας τῆς Ἑλλάδος συνεδρίασε στὶς 21 Ὀκτωβρίου 1839, γιὰ νὰ δικάσῃ τὸν Καΐρην ὡς «αἱρετικόν». Σὲ δύο δὲ ἡμέρες σὲ νέα της συνεδρίασιν ἡ Σύνοδος καθῄρεσε τὸν Καΐρην, ἀπόντα μάλιστα, διότι ἦτο «παραβάτης τῶν πρὸς τὸν Θεὸν ὑπ’ αὐτοῦ δοθεισῶν ὁμολογιῶν ἔν τε τῷ ἱερῷ βαπτίσματι καὶ ἐν τῇ περιβολῇ τοῦ μοναχικοῦ σχήματος καὶ τοῦ βαθμοῦ τῆς ἱεροσύνης, ἀρνητής τε τῆς ἀμωμήτου ἡμῶν πίστεως καὶ ἀντάρτης κατὰ τῆς ἁγίας τοῦ Χριστοῦ Ἐκκλησίας, βλασφημῶν καὶ ἀποβάλλων πάντα τῆς χριστιανικῆς ἡμῶν πίστεως δόγματα καὶ μυστήρια καὶ διδάγματα καὶ ἔθιμα καὶ τὰς τελετὰς καὶ τὰς παραδόσεις καὶ γενόμενος ἀρχηγὸς καὶ διδάσκαλος νέας ἄλλης θρησκείας, Θεοσεβισμὸς παρ’ αὐτοῦ καλουμένης, ἥτις ἐστὶν ἀσέβεια καὶ ἀθεΐα, ὡς τοιοῦτος ἀρνησίχριστος ἀναφανεὶς καὶ ἀνατροπεὺς τοῦ Χριστιανισμοῦ, κοινὸς δὲ λυμεὼν καὶ ψυχοφθόρος». Ὄπισθεν τοῦ ἀορίστου αἰτιολογικοῦ τῆς καθαιρέσεως τοῦ Καΐρη φανερὸν εἶναι, ὅτι ὑποκρύπτονται ἄλλοι σκοποί. Στόχος τῶν ἐπικριτῶν του ἦταν τὸ σχολεῖο-ὀρφανοτροφεῖο τοῦ Καΐρη, ποὺ εἶχε ἱδρύσει στὴν γενέτειράν του Ἄνδρο. Ἡ ἐπίθεσις ἐναντίον τοῦ Καΐρη σηματοδοτεῖ τὴν ἐπίθεσιν ἐναντίον τῆς γνώσεως, ποὺ εἶχαν στερεώσει μὲ κόπους οἱ φωτεινοὶ ἡγέτες τοῦ ἑλληνικοῦ διαφωτισμοῦ. Λίγους μῆνες πρὶν ἡ ἱεραρχία τῆς Ἐκκλησίας (τὸν Ἰούλιον) εἶχε ἀρνηθῆ νὰ παραστῇ στὴν θεμελίωσιν τοῦ πανεπιστημίου, διότι τὸ κτίσιμό του τὸ ἐθεώρησεν ἀσέβειαν. Ὁ δὲ ἱεροκήρυκας Γερμανός, ποὺ παρευρέθηκε αὐτοβούλως, ἐπεπλήχθηκε αὐστηρῶς. Τὴν πολεμικὴν ἐναντίον τοῦ Καΐρη κατηύθυνον ὁ πατριάρχης Γρηγόριος ΣΤ´, ὁ πρόεδρος τῆς Συνόδου ὁ Κυνουρίας Διονύσιος, ποὺ συνυπέγραψε ἐπὶ τῆς ἁγίας τράπεζας τὸν ἀφορισμὸ τῆς Ἐπαναστάσεως τοῦ 1821, καὶ ὁ σφοδρὸς πολέμιος τοῦ αὐτοκέφαλου τῆς Ἐκκλησίας τῆς Ἑλλάδος K. Οἰκονόμου. Ἰδιαίτερα γιὰ τὸν τελευταῖον ἡ ἐφημερὶς «Ἀθηνᾶ» γράφει στὸ φύλλο τῆς 14ης Νοεμβρίου 1839: «Ὁ ἅγιος Οἰκονόμος μᾶς ἐξηγήθη φανερὰ εἰς τὴν Ἐπίκρισίν του καὶ ἀλλοῦ, ὅτι οἱ Χριστιανοί, καὶ μάλιστα οἱ ἱερεῖς, δὲν πρέπει νὰ σπουδάζουν, ἀλλὰ πρέπει νὰ μένουν ἀμαθεῖς καὶ ὅλως διόλου νὰ ἀφοσιωθοῦν εἰς τὴν ἐπιφοίτησιν τοῦ ἁγίου Πνεύματος...». Ἀλλὰ καὶ ὁ γραμματεὺς τῆς Συνόδου Θεόκλητος Φαρμακίδης σημειώνει στὴν ἀπολογίαν του γι’ αὐτὴν τὴν